Smatra se da je župa Krapina jedna od najstarijih zagorskih župa. Da je postojala crkva u Krapini „sancti Nikolai de Crapina“ prvi se put spominje u spisima zagrebačkog biskupa Augustina Kažotića od 6. srpnja 1311.
Premda nema starijih spomenspisa, ipak držimo da je župa osnovana još 1225. g. jer je te godine u Krapini boravio kralj Bela IV.
Ne zna se niti tko je nekoć imao patronatsko pravo nad župom. Od 1609. kolatori su bili grofovi Keglevići koji su u 18. stoljeću svoja krapinska imanja prodali Stjepanu grofu Oršiću.
Sin ove obitelji Franjo grof Oršić bio je župnik u Krapini od 1782. – 1793. On je sagradio današnji župni dvor sa pripadajućim gospodarskim zgradama.
U zapisima kanonskih vizitacija nije zapisano kada je sagrađena prva župna crkva, ali nalazimo zapisano da je na mjestu sadašnje župne crkve od davnine stajala crkva građena u gotskom stilu. Bila je cijela zidana, krov je bio od drvenih dašćica, a tarac je imala od opeke. Župnik Nikola Gorup dao ju je 1747. god. potaracati kamenim pločama. Budući da je crkva bila premalena, 1901. god. je srušena i po nacrtima Josipa Vancaša sagrađena sadašnja u neogotskom stilu za 92.000 kruna. Bila je sagrađena za nepune dvije godine (od 2. studenoga 1901. kad je postavljen kamen temeljac do 27. rujna 1903. kad je posvećena).
Prigodom
100. obljetnice izgradnje župne crkve pristupilo se velikoj obnovi. Stoga je 1999. g. kompletno prekrivena novim crijepom, 2000. i 2001. je obnovljen je cijeli zvonik, postavljen je toranjski sat i napravljeno novo postolje za zvona. Od 2006. do 2008. godine nastavljeno je s obnovom župne crkve (obnovljena je unutarnja žbuka i nanovo obojana, obnovljeni su svi vitraji, postavljene nove postaje križnog puta, obnovljene su orgulje, postavljen novi oltar i ambon, nova rasvjeta…, te je ugrađena kompletno nova fasada i uređen okoliš) i na blagdan Sv. Nikole biskupa, 6. prosinca 2008. god., nebeskog zaštitnika župe, crkva je blagoslovljena nakon uređenja i posvećen je novi kameni oltar u kojeg su ugrađene moći Blaženog Alojzija Stepinca. Toga dana je blagoslovljen i kip Sv. Nikole biskupa na novoimenovanom trgu ispred župne crkve, Trgu Sv. Nikole biskupa. Istog dana blagoslovljen je i kompletno obnovljeni u uređeni župni dvor. Oltar je posvetio, crkvu, kip Sv. Nikole biskupa i župni dvor blagoslovio uzoriti kardinal, Josip Bozanić, zagrebački nadbiskup.
U župi Krapina već se 1547. g. spominje kapela sv. Katarine kraj koje je bila ubožnica u kojoj su se uzdržavali stari siromašni župljani. 1641. godine darovana je kapela s okolnim zemljištem ocima franjevcima, koji na tom mjestu grade samostan i novu crkvu na čast sv. Katarini. Ova je crkva umjetnički vrlo vrijedna, osobito urešena u vrijeme baroka. Franjevci čuvaju također vrlo vrijednu riznicu i biblioteku, koja je još uvijek u fazi uređivanja. (više o redovnicima i redovnicama u Krapini možete pročitati na posebnim linkovima ove stranice)
Na visokom brijegu ponad franjevačkog samostana „in monte Tkalec“ još i danas postoje ostaci kapele Sv. Triju Kraljeva. Ona se prvi put spominje 1639. g. Bila je zidana i posjedovala je trsje, šumu i tri rali zemlje. Osobito ju je lijepo dao urediti revni župnik Nikola Gorup tako da je vizitator 1777. g. zapisao „da se može s mnogima u biskupiji takmiti.“ Ona je na žalost u drugom svjetskom ratu od strane Nijemaca pogođena i djelomično srušena, a budući da je nitko nije dugo godina obnavljao, gotovo je potpuno propala. 2008. godine pristupilo se sanaciji kapele i tornja, no prekasno, jer se u veljači 2009. godine urušio toranj i tada se odlučilo da trenutno nisu vremena za neku daljnju sanaciju ili obnovu ove kapele. Sada još stoje ostaci zidova na otprilike dva metra visine i čekaju bolja vremena. Vrijedno ih je pogledati.